برداشت خودکار اقساط تسهیلات قرض‌الحسنه از حساب مشتریان طبق بخشنامه بانک مرکزی طی زمان مقرر و از تاریخ اجرای بخشنامه در بانک توسعه تعاون غیرفعال شده است
با توجه به بخشنامه بانک مرکزی مبنی بر عدم برداشت اقساط قرض‌الحسنه از حساب مشتریان، بانک توسعه تعاون اقدام به غیرفعال نمودن سیستم خودکار برداشت اقساط نموده است و در خصوص تسهیلات کسب و کارهای آسیب دیده نیز که لیست آنها اعلام شده است توسط شعب به صورت دستی و یا با اعلام مشتریان صورت گرفته است.
